Первое: Подготовка Куйбышева к строительству предприятий военной промышленности велась с 1932-1933 г.г., в генплане 1937 г. уже обозначены площадки заводов в черте города. Все мероприятия по соблюдению режима выполняются в штатном порядке, утечка информации практически исключена.
Второе: В 30-х годах (да и в наше время тоже) специалисты в области подземного строительства наперечет, поэтому и выбор небогат: проектирование - техническое бюро "Метропроект", генеральный подрядчик - Управление "Метрострой", подрядчик на местах - ближайшие тресты по разработке подземных недр и Управление особого строительства НКВД СССР (куда же без него).
Третье: Применение типовых мер маскировки строительства и использование стройплощадок хозяйственного и производственного назначения: стройплощадка НФС с жд веткой - строительство левобережного портала, санатории - маскировка ФВУ/ВШ, подводный переход - линия ВЛ Выползово/Подгоры, дамба в подгорской пойме - сельскохозяйственные/рыбозаготовительные работы.
Очевидцы и строители есть, только видели и строили они обычные объекты народного хозяйства.
Размещение объекта, куда ведет тоннель, планировалось в малонаселенной местности, вероятно с использованием естественных карстовых пустот, состав и количество демаскирующих признаков - минимальны. (И все же:
http://retrofonoteka.ru/zapstolica/docs/aviabaza.htm см. п. 15 Докладной записки обкома ВКП(б) в ГКО).
В данном свете предлагаю по иному взглянуть на работу в архивах: попытаться найти косвенные признаки дополнительных объемов строительно-монтажных и пуско-наладочных работ по перечисленным объектам, а также посмотреть, на чей баланс они потом передавались.