Хотя БЖРК и прошел госиспытания, в ходе их проведения был выявлен ряд недостатков оружия, который так и не удалось устранить полностью. Поэтому комплекс РТ-23 хоть и поставили на боевое дежурство, но на вооружение не приняли, оставив его в опытной эксплуатации. На практике это означало, что с территории баз ракетные поезда на просторы России практически не выходили. Офицеры Костромской дивизии БЖРК, например, вспоминают, что состав из восьмиосных вагонов с надписью "Для перевозки легких грузов" на бортах после своего первого же прохождения по области так испортил железнодорожные пути, что местное железнодорожное руководство обратилось в ЦК КПСС с грозной петицией: дескать, война войной, но кто за ремонт дороги платить будет? Военные гражданским вняли и решили составы с ракетами по стране не гонять, а подготовку офицеров-машинистов ракетовоза проводить на гражданских составах, следующих по предполагаемым маршрутам движения БЖРК. Это оказалось намного гуманнее по отношению к железнодорожникам, а также значительно дешевле и безопаснее. А сами военнослужащие получили не только необходимые навыки управления железнодорожным составом, но и визуальное представление о маршруте следования. К слову сказать, ракеты с БЖРК могут быть запущены в любой точке маршрута следования.
В 1991 году бывший президент Советского Союза Михаил Горбачев согласился с доводом американцев, что для укрепления взаимопонимания между двумя странами БЖРК лучше вообще не только больше не выпускать на просторы России, но и совсем уничтожить. Ведь само наличие этих поездов очень дорого обходилось американским налогоплательщикам, вынужденным оплачивать расходы Пентагона по развертыванию дополнительной группировки разведывательных спутников. При этом даже двухкратное увеличение мощности "небесного ока" не давало американским генералам уверенности, что они смогут отследить ядерный поезд, выйди он на просторы России. Ведь каждый такой состав за сутки может пробежать более 1000 километров. Бороться с такой угрозой даже такой богатой и технически развитой стране, как США, оказалось не под силу. В итоге Москва и Вашингтон подписали Договор СНВ-2, по которому все БЖРК должны были быть уничтожены. И хотя он так и не был ратифицирован, российские военные все равно приступили к односторонней утилизации ракетных составов.
