Зайду издалека. Клумбы должны были строиться под уже испытанную (или по крайней мере успешно проходящую испытания) систему. Пример - испытания на полигоне С-25, только потом строительство "ёлок". Что в те (80-е) годы успешно испытывалось (хоть и с задержкой)? Единственная система о которой известно и которая достойна такого масштабного строительства - система "Энергия-Буран". Было заложено 5 ОК (орбитальных кораблей), один даже успел побывать в космосе (не считая тех, что создавались для различных испытаний - прочностных, летных(с самолетными двигателями) и тп). В планах было дальнейшее увеличение группировки ОК до 10... Вот и ответ на первый и второй вопросы - это ЦУП для каждого ОК. Возможно, что их так и осталось бы 5 (маловероятно, что все 10 кораблей были бы в полете одновременно, скорее всего (по максимуму) 5 в полете и 5 проходят подготовку). Почему не один ЦУП? Во-первых управление ОК значительно сложнее, чем обычным пилотируемым спутником типа "Союз" в силу значительно больших возможностей "Бурана" - соответственно 1 ЦУП просто бы не потянул управление одновременно 5-ю ОК. Во-вторых военная направленность "Бурана" не секрет (это время подготовки "Звездных войн"). Соответственно, уничтожение единственного ЦУПа выводит из строя всю группировку. При наличии 5-и ЦУПов при уничтожении одного его функции могут взять уцелевшие. Расположение - равноудаленно от Москвы и друг от друга для снижения вероятности поражения - вот ответ почему такая геометрия. Ну и готовая инфраструктура (связь, дороги, энергоснабжение и тп) оставшиеся в наследство от ПВО на втором кольце. Головной (координирующий) центр видимо все-таки 1, а не 2, вынесенный подальше и защищенный получше - уж не тот ли недострой за Кимрами, куда шар не донесли? Это по последнему вопросу. Ну а кто должен был управлять, вопрос мне кажется излишний. Еще раз повторю - все это только домыслы, никакой реальной информации по этому поводу нет. Однако, все вроде укладывается в рамки этой гипотезы.
PS Много информации по "Бурану":
http://www.buran.ru/ Там кстати указано, что первый запуск "Энергии" (не с "Бураном", а со спутником, причем запуск неудачный - спутник не вышел на расчетную орбиту) был запуском прототипа боевой лазерной станции. Тогда об этом, естественно, не говорили.
PPS 5-я клумба должна быть по этой гипотезе вблизи 2-го кольца где-то между Горьковским и Рязанским шосссе. Ну и обнаружение подобной клумбы где-нибудь вдали от Москвы рушит эту гипотезу.