Приветствую всех. Попробую прокомментировать проведенные анализы, с позиции немедицинского микробиолога (Институт биохимии и физиологии микроорганизмов).
Сперва наперво благодарность автору работ, за это дело, несмотря ни на что это всё же кропотливый труд, который стоит уважать.
Но многое стоит покритиковать.
По методике.
По методике 1 мл. воды добавлялся в расплавленный агар или же переносился на чашку с агаром и растирался? Если так, то не много ли? 1 мл. - это получается целая лужа на чашке, которую втереть шпателем не так то просто; никогда из природных сред для прямого высева не берется такое количество пробы, ибо это просто не удобно и из за большого времени впитывания увеличивает риск контаминации, особенно если использовать такие богатые среды как МПА.
По поводу взбалтывания растворенной глины и послудующего прямого высева: возможно в санитарной микробиологии до сих пор такие нормативы, но в обычной микробиологии при работе с почвами сейчас так очень редко делают, такие методики считают устаревшими, т.к. они занижают титр высева. Если и проводят простое встряхивание, то на вортексе, но обычно для десорбции с поверхности используют несильные (или разбавленные) детергенты, пирофосфат и обработку на холоду ультразвуком. Это сильно увеличивает титр высева, что говорит о недооценке микробного разнообразия при высеве после простого механического встряхивания, особенно это касается покоящихся форм (споры, цисты и т.д).
То, что образцы «шли» до лаборатории 48 часов и находились при этом в холодильнике, большой беды нет, особенно для глины. А вы как думаете работают в тех лабораториях где занимаются почвами? Каждую неделю летают в Сибирь, на Камчатку, на Русский Север? Хорошо бы. Просто хранят образцы в холодной, либо в холодильнике. Для очень многих микроорганизмов пригодны, и используются методики хранения в дистиллированной воде или физ.растворе. Например нормативы хранения E.coli при 4-6 градусах в дистилляте-12 мес. Конечно природные среды с заносными санитарно-показательными видами это не суспензии с 10 8-9 клеток, но всё же не стоит недооценивать устойчивость микроорганизмов во внешней среде. Санитарная нормы хранения проб для воды не более 6 часов, для почвы 16-18 при 1-6 град., но думается, что как и все санитарные нормы разрабатывалась она с большим запасом.
Для чего проводился высев на МПА? В санитарной микробиологии это делают для подсчета общего микробного числа по которому судят о загрязнении органическими веществами, но тогда в таком случае где же данные по подсчету числа колоний? Они очень важны, информативны и интересны и не заменяются фразами типа «МПА-рост». Что значит «МПА-рост»? 10, 20, 1000 КОЕ, сплошной газон? Хорошая питьевая вода - это менее 100 КОЕ через сутки инкубирования при 37.
Сама по себе реакция на среде Эндо ещё ни о чем не говорит, сбраживать лактозу может грубо говоря кто угодно; обычно после подроста на среде Эндо проводят оксидазный тест который дифференцирует бактерии группы кишечной палочки от Pseudomonas (в первую очередь) и многих других групп обладающих оксидазной активностью. И то это если идти по простому пути, а более точной диагностики, нужны дальнейшие тесты (ПЦР, биохимия, серологические тесты). Судя по всему этого сделано не было, так что результаты там где фигурируют знаменитые E.coli, Enterococcus вилами на воде писаны.
Теперь конкретно по пробам.
1 проба. Предположительно обнаружены Enterococcus, судя по результатам это, вообще может всё что угодно, хотя бы оксидазный тест, серология или ПЦР был? Похоже, что нет. Enterococcus очень неустойчивы во внешней среде и умирают самими первыми из «бактерий группы кишечной палочки», т.е. если их находят это говорит о свежем фекальном загрязнении, насрано в общем недавно и близко было. Вполне можно допустить, что уж если есть Enterococcus, то значит должны быть и фекальные кишечные палочки.
2 проба. Ну, раз предполагается контаминация, тут стоить только, поблагодарить автора за честность, что он указал на это.
3 проба. Если всё было сделано правильно, то это, понятное дело, очень чистая вода.
Хотя, конечно это не показатель абсолютной санитарной благонадежности. Две богатые среды и при отсутствии роста могут и не дают полной картины, к примеру – пример хрестоматийный - холерный вибрион может, находиться в некультивируемой форме. Но это нюансы.
4 проба. Бросается сразу в глаза: «МПБ – несколько колоний» - опечатка? Может МПА?
E.coli…Ну опять…Откуда такая смелость? Оксидазный тест и ПЦР? Даже если тест отрицательный, то это говорит только о принадлежности к палочковидным бактериям группы кишечной палочки. Нужно было провести инкубацию при 37 и 44-45 градусах, в первом случае лактозу сбраживают колиформные палочки, во втором фекальные кишечные палочки. Их присутствие, даже при неуверенности что это E.coli – опасный показатель. А для полной уверенности нужен, сами понимаете ПЦР-тест. (Для полной гарантии то конечно и сиквенс 16S рДНК было бы здорово если уж совсем некуда деньги девать )
5 проба. «МПА-рост Гр(+) флоры, предположительный род, вид Pseudomonas sp».????????? Ну ребята…!!! Ну это уже несерьёзно…!!! Pseudomonas не окрашиваются по Граму, это грамотрицательные микроорганизмы!!!Конечно, есть очень редкие и малоизвестные исключения, когда фирмикуты всё же окрашиваются по Граму, есть и грациликуты которые не окрашиваются по Граму, есть и Грам-вариабельные, но такие случаи неизвестны для псевдомонад! Хотя то, что Pseudomonas есть в этих образцах, я не сомневаюсь, это самые преобычные почвенные бактерии. Думаю что это они, большей частью, скрываются за аббревиатурой НГОБ в 4-й и 8-й пробах.
6 проба. Я никогда не поверю, что при прямом высеве с почвы у всех колоний клетки мелкие кокки. Или это только колонии мелких кокков на среде Эндо? Тоже вилами на воде. Либо автор недоработал, либо там эти мелкие кокки есть, но формируют лишь часть колоний. Как и с пробой №1 я не стал бы даже предполагать что это именно Enterococcus.
7 проба. Про E.coli я уже говорил. С Сlostridium возможно заключение верно, или очень вероятно, они совершенно обычные представители почвенной микробиоты, но среди них есть и патогенные, как почвенные, так и представители кишечной микрофлоры. Санитарно показательным является Clostridium perfigans, выявление которого говорит о фекальном загрязнении среды. Они легко тестируются, но только по морфологии на МПА и среде Эндо с категоричной надежностью их идентифицировать конечно нельзя.
8 проба. Тоже что и с пробой 7. Обращая внимание, что это глина – НГОБ это, скорее всего большей частью Pseudomonas.
Если говорить о микробном разнообразии и способах его оценки вообще стоит сказать, что это крайне сложно.
Простыми высевами на различные среды оценить микробное разнообразие невозможно, просто потому что более 99% видов являются некультивируемыми, а вот с теми из них, которые являются патогенами для человека, дела обстоят лучше, так как их биология хорошо изучена.
Если у вас задача стоит изучить общее микробное разнообразие…Тут помимо высевов на различные питательные среды нужно ПЦРить, да не только с универсальными эубактериальными праймерами на 16S, а ещё и эукариотными (а как же патогенные дрожжи, грибы…), да с архейными, а потом бы прогнать на ДГГЭ или ТГГЭ, но знающие знают насколько много тут сложных нюансов. И прогнать не просто так, а с маркерными амплификонами патогенной микрофлоры, которую хотим найти. А можно сделать клоновую библеотеку, а можно просто тупо выделить тотальную ДНК и ПЦРить с праймерами на колей, туберкулез, возбудителей кишечной флоры (если хотим оценить только микробное разнообразие для санитарно-опасных видов), собственно как сейчас и делается когда хотят поставить точный диагноз…да много чего можно, были бы деньги. Да мы ещё про сиквенс и метод FISH, без которых сейчас никуда, не говорили, а против лома (сиквенса) нет приёма, только он дает уверенную гарантию в результате. Но он стоит денежек.
Если посчитать титр живых клеток, то нужен только флуоресцентный микроскоп и система окраски вроде LIVE/DEAD (вполне доступная по деньгам), есть и другие, но это наиболее популярный кит (готовый набор реактивов).
Хотя конечно для общей санитарной оценки среды подходят и старые добрые, всем известные тесты. А для более тонкой – видовой, диагностики патогенных микроорганизмов тоже разработано множество замечательных готовых тестов.
То, что микрофлоры не выявлено, это не значит что её нет. Она есть. Как говорят врачи: нет здоровых - есть недообследованные. Но то, что она есть меня совершенно не пугает.
Мои выводы:
1)Предположительная идентификация микроорганизмов не может рассматриваться как достоверные выводы.
2) Тем не менее, все перечисленные среди предполагаемых микроорганизмов совершенно обычные члены микробиоты почвы, воды, воздуха в местах периодического скопления людей, при условии отсутствия водопровода и канализации. Поэтому часть из них, если всё же предположения верны, говорит о фекальном загрязнении проб. Но, зная о состоянии дел гигиены сортиров под землей можно и так, без тестов предпологать, что часть, извините, говна, может и попадать в места водозабора. И совершенно очевидно, что патогенная микрофлора есть и в этих образцах (окромя возможно №№2,3). Но понятия «дозы заражения» ещё никто не отменял. Единичные клетки опасных, санитарно-показательных микроорганизмов ещё не гарантия болезни, только начало вероятности и причина насторожиться.
3) Если верить автору, и если я правильно помню нормативы коли-теста, и коли-индекса титр E.coli в водокапе F5, из лужи на полу, превышает санитарные нормы питьевой воды, её употребление опасно для здоровья и потенциально может привести к развитию кишечных и иных хворей. Но о том E.coli ли это я уже говорил. Так же если верить автору, не стоит есть куски глины с пола на выходе к Кинг-Конгу и слизывать её с камней перед журналом. Согласен. Не стоит этого делать

). По любому.
4)Вода из водокапа F5 отвечает санитарным нормам и пригодна для питья. (С оговоркой, что не соблюдены нормы хранения пробы, т.е. строго говоря, результат не достоверен, но всё же все равно превосходен!).
Мои пожелания:
Провести нормальное, полное, санитарное исследование воды и почвы с коли-тестом, перфигенс-тестом (на Clostridium perfigans), тестом на термофильные бактерии. Тем паче, что полработы уже и так было сделано. Но нужно начать снова. По личному опыту могу посоветовать делать прямые высевы с почвы в многократной повторности. Капризное это дело.
А ещё было бы интересно проверить на туберкулез и споры грибов и актиномицетов. Думаю, что тут тоже много интересного.
Не хотел оскорбить автора выполненных работ, просто считаю своим долгом разумно прокомментировать. Могу предложить свою посильную помощь: к сожалению я ушел из молекулярно биологической лаборатории в другую область, и за бортом остались ПЦР, РТ-ПЦР, ДГГЕ и прочее прочее, но все же могу либо сделать грамотно пробы на грибы и актиномицеты, либо посоветовать среды и методику для тотального выделения актиномицетов из почвы которые используют в отделе актиномицетов Всероссийской коллекции микроорганизмов, есть тут такая конторка по соседству.
И ещё, знаю, есть один человек, который занимается микроорганизмами пещер, попробую его пригласить сюда, если хотите, впрочем, не удивлюсь, если он окажется зарегистрирован на этом форуме.