Во-первых, этими затворами можно перекрыть одно из очек трубы для каких-либо ремонтных работ.
А во-вторых, как вы верно заметили, если перекрыть всю трубу, вода выше по течению будет подниматься, и это однажды было применено в стратегических целях во время Великой Отечественной войны.