ну тут всё ок, просто бегай и объёмы, и интервалы. скоро пройдёт. в горку тоже можно бегать, полезно. и выпрыгивания попробуй.
по поводу коленки, если МРТ ничего не покажет, зайди в runlab.ru, если Москва. Там обувь грамотно подбирают с учётом постановки ноги и ваще советы дают.