Если у коменоломен нет юридического хозяина (а я о таком не слышал), ничего незаконного нет. За исключением особых случаев, которые Кискисыч упомянул (скорее 2й и 3й. 1й - другая статья, это не за подземлю, а за ту территорию, на которой вход).
В остальном - какой нафиг плодородный слой. Это если речь идет о добыче ресурсов и т.п. А так - подземля приндалежит только гос-ву. При строительстве в ком.зёме утверждается план строит-ва с указанием подземной части (подвала). Подземля проверяется на наличие всех "против" и если их нет, разрешение дается. Далее пространство внутри сооружения - собственость, вне его стен - нет. Проникновение например в подвал через коллектор сродни проникновению в форточку. Если при этом еще и снесли забтовку - со взломом. Передвижения по тоннелям под чем-то отношения к этому чему-то не имеет. Сколько людей пересекает границы скольких посольств, едучи в поезде метро, а? А закон о проникновении в коммуникации - видимо мы всех так достали, что юристы решили упростить задачу ментам, да и себе. А так это из серии проникновения на пример на ТЭЦ, или плотину. Жизненно важные объекы.